Im Oktober letzten Jahres habe ich noch vor EGit gewarnt, was im nachhinein vielleicht etwas vorschnell war, denn noch ist es auch jetzt noch in der Entwicklung. Damals ging es darum, dass EGit gerne mal Github Repositories zerlegt, ein entsprechender Hinweis samt möglicher Lösung hat es zwischenzeitlich auch in die Github Hilfe geschafft. Dort ist auch erwähnt, dass ein Bug in JGit den Fehler verursacht.
This can prevent cloning and fetching from the repo. The objects were never pushed to the remote repo, therefore support cannot recover the repo directly for the user. The only solution is for the user that pushed the commits to push them again from the command line.
Aber jetzt soll alles besser werden: Der Bug soll heute mit dem Release 0.7 geschlossen worden sein. Im gleichen Atemzug ist EGit jetzt auch zu eclipse.org umgezogen (wo waren sie denn vorher? 
)
Eclipse-typisch installiert man EGit über deren Update-Site. Wer noch skeptisch ist, kann auch weiterhin über Kommendozeile git push aufrufen.
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